본 연구는 영남(부산·대구·울산·경남·경북)지역 대규모 종합병원의 경영효율성 및 의료수익이 의료산업계의 큰 변화를 초래한 외환위기(IMF관리)와 의약분업 시대를 거치면서 어떻게 변화되어 왔는지에 관한 분석에 초점을 둔다. 시대변화에 따른 병원경영효율성 측정을 위해 DEA(Data Envelopment Analysis) 및 DEA윈도우분석(Window Analysis)기법을 사용한다. 분석결과의 대표적인 예를 들면, IMF관리시대 및 의약분업시대를 겪으면서 병원경영효율성이 악화되었음을 알 수 있었다. 한편 병원의 의료수익은 IMF관리시대에는 악영향을 받지 않았지만 의약분업으로 인해 낮아졌음을 알 수 있었다. 특히 이러한 어려운 시대를 거치면서 비대학병원 그룹의 의료수익이 크게 낮아졌음을 알 수 있었고, 이는 중·단기적 측면에서의 비대학병원의 경영위기로도 볼 수 있다. 병원경영효율성과 의료수익 간의 설명적 관계는 통계적으로 유의하지 않았지만, 두 지표 모두 의약분업시대에 악화된 공통점을 가진다. 본 연구결과가 우리나라 대규모 종합병원들의 경영효율성 제고를 위한 자구노력의 긴급성을 일깨우고, 정부의 적절한 정책마련에도 도움이 되기를 기대한다.