본 연구의 목적은 상장기업 및 일부 비상장기업들에 적용되고 있는 내부회계관리제도의 검토보수가 감사보수와 차별적인 요인에 의해 설명되는가를 내부회계관리제도검토보수 자료를 이용하여 분석하는 것이다. 2004년부터 국내 기업들에게 적용되기 시작한 내부회계관리제도의 검토는 내용상 외부감사의 내부통제제도의 평가와 중첩되는 부분이 많고, 합리적 수준의 감사위험을 전제로 이루어지는 외부감사에 비해 내부회계관리제도검토에 대한 위험은 현저하게 작으므로 감사대상회사의 특성과 보수 결정요인간의 관계를 파악하기가 용이하다. 따라서 본 논문에서는 국내 최초로 내부회계관리제도검토보수 자료를 이용하여 기업 특성변수들의 내부회계관리제도검토보수에 대한 설명력을 검토하고, 동일한 변수들의 감사보수에 대한 설명력 결과와 비교해 본다. 내부회계관리제도검토보수 결정모형을 감사보수 결정모형과 비교한 결과, 전자에서는 소송위험변수, 사외이사비율, 경영자 유형, 대주주지분율이 유의한 설명력을 가지는 것에 비해 후자에서는 소송위험변수와 대주주지분율만이 유의한 설명력을 보였다. 또한 기업규모, 자산증가율, 자회사 수 등과 같이 기업의 구조를 나타내는 변수들은 감사보수 결정모형에서는 설명력을 가지지만 내부회계관리제도검토보수 결정모형에서는 상대적으로 설명력을 덜 가지는 것으로 나타났다. 상기한 두 가지 결과는 감사위험을 통제해야 하는 외부감사의 경우에는 기업규모와 같은 구조변수들이 더 설명력을 갖지만 한계적 지불의사를 나타내는 내부회계관리제도검토보수 결정모형에서는 소송위험변수, 사외이사비율, 경영자유형, 대주주지분율과 같은 clientelle 변수들이 더 설명력을 가짐을 시사한다.