최저한세 제도는 특정기업에 적용되는 조세감면의 종합적인 한도를 정하여 경제적 능력에 따른 최소한의 조세부담을 규정함으로써 기업들이 부담하는 유효세율이 비슷해지도록 조정하여 조세부담의 공평성을 확보하는 제도이다. 본 연구에서는최저한세의 시행으로 인하여 전체적으로 또는 기업특성변수에 따라 조세부담의 공평성이 향상되었는지 여부와, 또 그 결과가 중소기업에 대한 최저한세율이 인하된 2004년을 전후하여 차이를 보이는지 여부를 검정하였다. 실질적으로 단일세율제도에 가까운 현행 법인세법 하에서 기업의 조세부담의 공평성의 정도를 측정하기 위해 유효세율의 변동계수와 부담할세액의 잔차변동계수를 불평등도지수로 사용하였고, 표본기업으로 서울지역의 영리내국법인들 중에서 2001년 이후 매년당기순이익을 보고한 법인들 중 무작위로 405개를 선정하였으며, 연구의 결과를 요약하면 다음과 같다. 첫째, 연구대상 기간인 2003년과 2004년에 모두 최저한세의 시행으로 전체적인 조세부담의 공평성이 향상되었다. 둘째, 2003년과 2004년에 모두 대기업의 조세부담의 공평성이 중소기업보다 더 향상되었는데, 예상과 다른 이러한 결과는 중소기업의 최저한세 납부가능성이 대기업보다 클 것이라는 전제가 달성되지 않았기 때문인 것으로 보인다. 셋째, 2003년과 2004년에 모두 1․2차산업 기업의 조세부담의 공평성이 3차산업 기업보다 더 향상되었다. 넷째, 2003년과 비교할때 기본세율과 대기업의 최저한세율은 변하지 않았지만 중소기업의 최저한세율은 인하된 2004년에 중소기업의 최저한세납부가능성은 대기업보다 상대적으로 더 낮아졌고, 중소기업의 조세부담의 공평성은 대기업보다 상대적으로 더 악화되었다. 선행연구의 성과와 비교했을 때 본 연구의 공헌은 다음과 같다. 첫째, 실증분석을 통하여 조세부담의 공평성의 정도는 최저한세 납부가능성에 비례함을 보였다. 둘째, 2003년과 2004년의 연도간 비교를 통해 법인세 기본세율과 최저한세율의상대적인 변화에 따른 최저한세 납부가능성의 변화를 보였고, 이에 따른 조세부담의 공평성의 변화를 보였다.